笹井出生于日本兵库县，1986年自京都大学医学系毕业，36岁成为了京都大学再生医科学研究所教授。2003年他转入理化学研究所，并从2013年起担任副主任。笹井是英国科学家-2012年诺贝尔奖得主格登的再传弟子。他从胚胎干细胞(ES细胞)制作出的立体的大脑及眼部组织引起了巨大反响。2013年，笹井被选为使用ES细胞、诱导多功能干细胞(iPS细胞)治疗眼部疾病的日本国家级项目负责人，积极推动研究成果的医疗应用。
2014年8月5日，日本著名细胞生物学专家笹井芳树5日在位于神户市的日本理化学研究所大楼的楼梯扶手处挂上绳子自缢，送往医院抢救后不治身亡。终年52岁。笹井是被称作"日本居里夫人"的小保方晴子的导师，也是后者被质疑造假的论文的共同通讯作者。他的死在日本掀起舆论风波。
身为日本理化学研究所发生与再生科学综合研究中心副主任的笹井芳树是再生医学领域的世界级学者。他是"日本居里夫人"小保方晴子受学术造假质疑的STAP细胞(新型万能细胞)论文的共同通讯作者。
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