化脓性骨髓炎要做到早诊断、早治疗，以防发生中毒性休克、感染蔓延、骨髓炎向慢性阶段发展及死骨形成。局部治疗也应及早进行，力争在急性期获得治愈。
慢性化脓性骨髓炎治疗在于清除死骨及周围增生的肉芽组织，消灭骨死腔，切除窦道，根治感染源。
一、一般治疗
1、全身支持疗法：可少量多次输人新鲜血或球蛋白，提高机体免疫力。高热时物理降温，保持水、电解质的平衡，纠正酸中毒。
2、肢体制动：患肢用石膏托或皮牵引制动，有利于炎症消散和减轻疼痛，防止病理性骨折和关节挛缩。
二、药物治疗
抗生素：根据细菌培养及药敏实验结果，调整并使用对细菌敏感的抗生素。抗生素治疗至少要3周，直到体温恢复正常，局部红、肿、热、痛等减轻。
另外，实验室检查显示血沉和C反应蛋白水平正常或明显下降后才可以停用抗生素，常用的抗生素有头孢曲松、哌拉西林、罗红霉素等，具体用药要结合患者个人过敏史及临床表现来选择。
三、手术治疗
凡有死骨、死腔、窦道流脓，且有充分新骨形成包壳。可替代原有骨干而支持肢体者均应手术。
1、病灶清除术：摘除死骨及空腔边缘，吸出脓液，彻底去除窦道、异物、肉芽和瘢痕组织。
但慢性骨髓炎急性发作期不宜做病灶清除术，应以抗生素治疗为主，积脓时宜切开引流。
2、消灭死腔碟形手术：切除骨死腔潜行边缘，使之成为一口大底小的碟形创口，创口内置入冲洗引流管，进行彻底冲洗及引流，以期创面一期愈合。如果创口很大可用带蒂肌瓣填充死腔。
大块死骨形成而包壳尚未充分生成者，过早取掉大块死骨会造成长段骨缺损，该类病例不宜手术取出死骨，须待包壳生成后再手术。
3、充分引流：于创口内放置引流管2根，一根用以连续抗生素滴注，另一根用以持续负压吸引。
4、抗生素珠链填充：采用敏感抗生素骨水泥(聚甲基丙烯酸甲酯)串珠放置在骨死腔内，随着骨死腔底部新鲜肉芽生长的进程，逐步抽出串珠。
近来临床上已开始应用替代骨水泥的可降解的生物材料作载体。
5、截肢术：对于慢性炎症刺激窦道口继发癌变者可行截肢术。
四、中医治疗
慢性化脓性骨髓炎属中医学“无头疽”、“附骨疽”范畴，多由急性化脓性骨髓炎转化而致。
患肢肌肉萎缩，可摸到粗大的骨骼，以探针检查常可触及粗糙的死骨。伴乏力、神疲、低热、舌淡、苔白、脉濡细。此属脓毒蚀骨，气血不足之证。治疗应调补气血、清解余毒。
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