本游戏有一关两路的特点，在第二阶段的八关里，每一关都有两条路。顺势走可打主Boss，下面称之为主路。进入白色光柱后会进入另一条路，难度有所增加，之后可打特别Boss，下面称之为副路。
另外，在《洛克人X5》失踪的Zero也会出现，并且被西格玛（最终的敌人）控制，但最终他会回到正义的这边来。
还有，X的武器不止是X炸弹，还有Z斩。而Zero的武器也不止是Z斩，还有Zero炸弹。
在第二阶段中，在相同的关可能会多了或少了一些东西。这就是附加障碍。使屏幕变黑的障碍没有克星；幻影可用暗属性绝招攻破；灰色铝块可用重属性绝招攻破；中间有圆圈的铁块可用地属性绝招攻破。
在游戏第二阶段的所有关卡内都有盔甲配件。在第一关中不用选人，因为只有X可选。X在本游戏中有四套装甲，两套是黑新星盔甲(绝招——新星撞击) 和猎鹰盔甲(绝招——神圣激光雨) ，猎鹰盔甲有绝招，只可惜它不能飞。在标题画面直接进入可得猎鹰盔甲；
在标题画面顺序按三次“左”一次“右”可得黑新星盔甲过关后也能得到猎鹰盔甲。另一个盔甲是Z斩盔甲（绝招——Z斩双重波），他能在空中向四个方向冲刺很长一段路，它的配件在第二阶段中上面四关的第一关和第三关以及下面四关的第二关和第四关中。
还有一套忍者盔甲（Z斩双月环），他可以跳的很高并可吸附在天花板上，它的配件在第二阶段中上面四关的第二关和第四关以及下面四关的第一关和第三关中。Zero有黑色盔甲，在“ePSXe - 增强型 PSX 模拟器”上运行时，在标题画面顺序按三次“L1”一次“R2”后过关并救回Zero可得，但没有黑新星盔甲。
扩展资料：
洛克人X6游戏特色：
1、噩梦现象
关卡中的环境和路线会因为噩梦病毒的存在而产生改变。
2、求救者救助
八大关卡里，共分布了128位有时身上拥有不同的增强部件的求救者。
3、传送区域
在八大关卡中，放置了一些通往同一区域，但收不到艾莉亚讯息的地段的传送点。这些路线的分支当中，隐藏着什么新的事物？
4、猎人等级
玩家所用角色的猎人等级会依其所得的恶梦灵魂数目增加而提升。
5、多重结局
游戏的结局会跟随玩家所开拓的故事和最后使用的角色而改变。
6、其它
“蹲下”和“吊绳”的动作仍然健在。装甲配备采用“程式制”：玩家需要将一套装甲的四件配件集齐才能使用。
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