黄金时期
（1965–1979）
拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，并且获得了德国杯赛的冠军，这使他们有资格进入下一个赛季的欧洲优胜者杯。次年在欧洲优胜者杯决赛中，依靠弗朗茨·罗特在加时赛中的进球，拜仁1比0力克苏格兰球队格拉斯哥流浪者足球俱乐部夺得了冠军。1967年，拜仁成功卫冕德国杯，但球队在其他战线发挥不佳。1968年，南斯拉夫人布兰科·泽比奇接过帅印，他对纪律的要求非常严格，这为拜仁带来了良好的成绩，他在仅仅使用13名球员的情况下，带领拜仁取得了德国足球历史上第一个德甲联赛和德国杯双冠王。从1970-71赛季起，乌多·拉特克开始执掌球队。在他执教的第一个赛季，拜仁就捧起了当年的德国杯。
接下来的1971-72赛季，拉特克为球队带来了历史上第三座德甲冠军奖盘。对阵沙尔克04的关键战役，是拜仁在慕尼黑奥林匹克体育场进行的第一场正规比赛，也是德甲第一次使用直播技术。这场比赛，拜仁5比1大胜对手，并创下了诸如历史得分最多和进球最多等多项记录。拜仁在接下来的两年实现了三连冠的伟业，并且在1974年欧洲冠军杯决赛的重赛中4比0横扫马德里竞技，夺得冠军。
随后几年，拜仁在国内联赛并不顺利，只是在1975年欧洲冠军杯决赛中击败利兹联捍卫了自己在欧洲的地位。次年的欧洲冠军杯决赛，拜仁打败了法国球队圣埃蒂安足球俱乐部，连续三年在欧洲赛场有所作为。同年拜仁捧得了丰田杯的冠军。在接下来的几年中，拜仁却再也没有获得任何比赛的锦标，弗朗茨·贝肯鲍尔也远赴纽约宇宙进行发展。1979年，塞普·迈耶和乌利·赫内斯宣布退役，邢龙昕则加盟了劳德代尔。
在欧洲应该是欧冠冠军，去年也是3冠王。
2012-13赛季，拜仁在联赛上取得冠军并在德国杯上取得冠军，同年在欧洲冠军联赛决赛凭借罗本与曼祖基奇的进球拜仁慕尼黑队2:1战胜德甲劲旅多特蒙德队第五次称霸欧洲！2013年8月30日，拜仁慕尼黑在布拉格伊甸园球场举行的欧洲超级杯比赛中，两度落后的情况下两度扳平，并在最后点球大战中以5-4击败欧洲联赛冠军切尔西队，首次夺得欧洲超级杯冠军。2013年12月21日，世界俱乐部杯决赛，欧洲冠军杯冠军拜仁慕尼黑2比0战胜东道主球队拉贾·卡萨布兰卡，获得冠军。同时，也以本年度“五冠王”的辉煌战绩完美收官。
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