这以后的几百万年里两派机器人和平相处，越来越多的机器人开始习惯于佩带两派的标志，两派机器人分别称自己为：民用机器人为汽车人(autobot)，军工机器人为霸天虎 (deceptcons)。少数的机器人卫兵也被重新编排程序后得以再生，之后的大力金刚就是这么产生的。这段时期被后来的变形金刚们称为“黄金时代”，是塞伯特恩科技飞跃的一个时期。很多机器人成为科学研究者。比较突出的是一个六人组合（就是后来的挖地虎 。不过此时他们既不会变形也不会组合），他们建造了闻名塞伯特恩的繁华都市——水晶城堡(Crystal City)！
霸天虎的量产型机器人之一的红蜘蛛和没有派别的天火就是一对好朋友。象汽车人的铁皮(Ironhide) ，救护车（Ratchet） ，大汉（Brawn），敌无双(Devcon)，杯子（cup) 等等和霸天虎的威震天(megatron)（不过不能变形也不象后来那么强大而已），震荡波（Shockwave），声波(soundwave)等等大抵都是这时出现的……这时，那位称做阿尔法- 3的机器人以钛师傅的姿态重新出现，原来他找到了至尊太君丢弃的钥匙，他虽然不知道这东西原来是什么，但经过研究后知道他有无限的潜力，是智慧和力量的集合。
于是他和汽车人的智囊把这把钥匙改造了一下，把他称做“领导模块”（Matrix），并推选了一位领袖，让他收藏领导模块。然而好战的程序在军工机器人体内躁动，不断有袭击事件在塞伯特恩出现。由一小拨贪图权利的好战分子挑起的争端终于在塞伯特恩展开。生性不善战斗的汽车人被他们凶恶的对手打败了。很多汽车人逃离了塞伯特恩。一些勇敢的幸存者采取了新的战术，经过调整汽车人首领英明的把大部分的汽车人都团结在一起，向他们的死敌进行了反击，并展开一系列可怕的战争。好几次双方都宣称胜利，可并不持久，因此双方各有胜负。霸天虎的诡计颠覆了好几个汽车人的首领。此时的战斗还是以局部的形式存在，战火并未燃烧到整个塞伯特恩。还有一些地方的霸天虎和无派别机器人处于和平状态。象挖地虎的六名成员就不想卷进战火，由于害怕战火会蔓延到水晶城堡，他们请求大力金刚和他们一起守护水晶城。霸天虎虽然好战，但是由于没有统一的领导，使得他们一时无法翻身。由于战火的推动，此时的科技发展方向全部是以战斗利益为上的。汽车人发明了变形的本领（多少是受曾来过的六位汽车人的启发）；而霸天虎则掌握了飞行的本领，更“请求”霸天虎的杰出科学家们——挖地虎——来应用这些新技术。威震天就是最大的受益者！虽然威震天的强大使得霸天虎在一个时期里捷报频传，但是大多数的霸天虎却不承认他是霸天虎的领袖。于是威震天制造了一台改装机 (Robosmasher)。最初是无派别机器人的声波和霸天虎成员震荡波就成了他的第一批忠实卫兵，在摧毁了这一代汽车人首领后他们四处搜刮能源。用以壮大他的那些没有思想的机器人部队。很快，霸天虎也学会了变形。
在这个时期里，并未隶属于威震天的古代霸天虎的一支队伍曾经在银河系范围内作过考察，并曾经到过地球，在那里留下了一支部队（后来的机器昆虫）。事实上他们在银河系的大多星球上都留有自己的部队。也许是什么原因，这支古代霸天虎的考察部队没有能回到塞伯特恩，只把一些星球的坐标发了回去。被当时无派别的天火收到，于是他开始筹划做一次星际考察。大约900万年前的某个时期。在一个没有卷进战火的能源仓库的码头，汽车人奥立安·派克斯(Orion Pax)认为战争应该有机器卫兵去管，和自己无关，同时他还很崇拜能够飞行并且强大的威震天。可是，就在他向威震天伸出友好之手时，威震天却洗劫了能源库。杀死了所有的机器人包括奥立安的女朋友艾里尔(Aerial)后扬长而去。被威震天的诡计骗到这里的飞行太保(Aerialbots)的成员目睹了一切。并及时把奥立安和艾里尔送到钛师傅那里。经过重新修复，奥立安以擎天柱 (optimus prime)重生了！而艾里尔也以艾丽塔(Elita One)的形式再生。飞行太保炸毁了能源仓库本想和威震天的部队同归于尽，不过在最后时刻，他们被救回了正常的时代。而威震天的部队则大受损失。同时钛师傅把保存在己处的领导模块交给了擎天柱，于是新一代汽车人首领诞生了！这之后不久，我们熟悉的第一代汽车人战士基本上都出现了，比如探长（Hound） ，警车（prowl），蓝霹雳（Blue Streak），横炮（Sideswipe），幻影（Mirage）和开路先锋（Trailbreaker）等等；象照相机（Reflector）， 隆隆（Rumble）等磁带兵都是这时出现的，而象红蜘蛛那种量产型机器人出现了改进型——即喷气机，推进器类型的机器人等——也在这个时期出现。值得一提的是此时还有相当一部分仍然不会变形的机器人（后来的头领战士的头部）仍在不断出现，他们身体小巧无法适应战火，大部分都销毁了，于是以后再没有类似的机器人出现。
威震天失去了自己的部队后又利用改装机改造了不少霸天虎。最后在改造挖地虎并毁掉水晶城的时候出现了点以外，虽然他把挖地虎组合成了大力神但是改装机却被破坏。即便如此，此时的霸天虎已经几乎都效忠于威震天了。此时的天火认为已经准备充分，于是邀请好友红蜘蛛一起到银河系的另一端考察，不过天火由于一颗行星上的风暴而消失在这颗星球上，回程后的红蜘蛛立刻加入威震天的部队，成为霸天虎的战士。此时大战全面爆发。大战期间，不少变形金刚都被迫离开家园：当时还年轻的杯子逃到了有“混沌怪”出现的星球上，而敌无双是被指派追捕特定霸天虎而离开塞伯特恩的，而那些小型不会变形的机器人在福特的带领下也离开了母星，他们在玛斯塔星上定居，并最终进化为头领战士。在塞伯特恩善与恶之间的战争一直持续了很长时间。大约四百万年前，连续不断的战争耗尽了星球几乎所有的能源。面对死亡的威胁，汽车人做出了不屈的斗争。但是由于能源紧缺，汽车人首领擎天柱决定带领大部分汽车人去宇宙寻找新的出路。霸天虎的镭射密探把情况报告了威震天，于是威震天带领本部霸天虎追击汽车人。在太阳系的小行星带附近，汽车人的方舟（ark）发现了霸天虎的暴影号（Nemesis），霸天虎登上方舟，双方在外层空间展开激战，最终方舟失控坠落在一颗太阳系的行星上，方舟和其中的所有变形金刚停止运作……
大约四百万年之后地球时间的1984年，圣希拉力火山喷发，把方舟内的超级计算机显像屏一号唤醒，于是显象屏一号根据他扫描到的该星球上的物体对方舟内他触手可及的机器人（霸天虎的闹翻天）进行修复和改造。随后在霸天虎的红蜘蛛的告别行动中，汽车人也被改造重生了。于是战场转向这颗称做“地球”的行星。擎天柱带领汽车人在地球人的帮助下继续同霸天虎战斗。威震天很快建立了从地球通往塞伯特恩的“太空桥”并建立了海底基地。被冰峰了好几百万年的天火被救出，并加入汽车人。
在这期间，威震天找到了古代霸天虎留在地球上的霸天虎分支----机器昆虫；曾梦想利用太空桥把塞泊特恩纳入地球的卫星轨道；后来还要把纽约变为自己的新帝国都市；甚至从地心吸取能源；甚至设计把汽车人赶出了地球，但最终均告失败。而这期间有大量的新生力量出现，尤其是组合部队。大约在2010年，塞伯特恩已经被霸天虎完全占据，而汽车人只靠塞伯特恩的两颗卫星固守。威震天偷袭了去往地球的汽车人飞船并凭其骗过汽车人地球方面的关卡。一场生死搏斗展开。在这场战役里，许多包括擎天柱在内的许多汽车人受伤死去。而受伤的霸天虎包括威震天在内被遗弃后遇到了经过亿万年自我修复的宇宙大帝。宇宙大帝侦测到能够毁灭自己的钥匙已经成为汽车人的领导模块了，于是他修复了这些受伤的霸天虎并要求他们去毁掉领导模块。于是新一轮的战斗打响了。在这次大战里宇宙大帝想要毁灭塞伯特恩，但是被被领导模块唤醒的补天士（Rodimus Prime）利用领导模块的力量摧毁… …
战败的霸天虎逃到查尔星上苟 硬写 。五面怪趁机利用霸天虎和汽车人厮 保 妄图夺回塞伯特恩。但最终计划搁浅。之后战斗转向宇宙，由惊破天（Galvatron）率领的新生霸天虎继续到处作恶。而汽车人的首领补天士由起初的彷徨和怀疑自己的能力问题到最后终于建立自信领导汽车人粉碎了霸天虎的一次由一次的阴谋。一次偶然事件使疯狂症在地球蔓延，几乎所有人类和变形金刚都被感染，并迅速向宇宙蔓延。残存的五面怪决定重新救活擎天柱，最后擎天柱利用领导模块的无穷潜力终结了疯狂症。惊破天终于宣布停战，旷日持久的战事终于结束了……（至此，美版金刚的历史结束了 。后面还有《重生》的，不过国内没有播。 然后就是《头领战士》了……）
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