１、申请人向国家移民管理局委托的县级以上公安机关出入境管理机构提交申请材料并按规定采集指纹信息；
２、受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定形式的，向申请人出具受理回执；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次性告知申请人需要补正的全部内容；对不属３、审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定。批准的，签发证件；不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。
４、申请人领取证件。
大陆居民同时申请往来台湾通行证和签注，或者持有效往来台湾通行证单独申请签注的，依据不同事由须具备相应条件：
１、团队旅游：参加国家旅游局指定的有经营赴台游业务资质的旅行社组织的赴台湾团队旅游。
２、个人旅游：开放赴台湾个人旅游城市的常住户口居民，或者符合国家移民管理局规定条件的非常住户口居民，申请赴台湾个人旅游。
３、探亲：探望在台湾定居、长期居住、就业、就学的亲属；尚未取得台湾居民身份的大陆配偶赴台团聚、居留。
４、定居：经台湾主管部门批准取得在台定居资格的大陆居民，申请赴台湾定居。
５、应邀：经台办批准前往台湾从事科技、文化、体育、学术等交流活动，或者参加两岸事务性商谈、采访。
６、商务：经台办批准前往台湾进行考察、会议、谈判、履约、培训等商务活动，参加或参观展览等经贸交流活动。
７、学习：在教育部批准开放大陆学生赴台学习的省份参加本年度普通高校招生全国统一考试的高中毕业生，或在上述开放赴台就学省份且毕业于台湾主管部门承认学历的大陆高校的应届本科或硕士毕业生。
８、乘务：执行海峡两岸航运任务。
９、其他：前往台湾就医、访友、处理财产、奔丧、诉讼、从事渔业劳务等事务。
同时申请往来台湾通行证和签注的，无需重复提交相关材料。
１、符合要求的申请表；
２、有效往来台湾通行证（同时申请往来台湾通行证和签注的除外）；
３、与申请事由相关的证明材料；
４、在非常住户口所在地申请前往台湾签注的，还须按照国家移民管理局有关规定，提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明材料，但按规定向指定受理机构申请的情形除外；
５、登记备案的国家工作人员、军人，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照干部管理权限出具的同意其办理出入境证件的函件，但持“赴台批件”申请赴台的除外；
６、委托他人代为申请的，委托人应出具委托书，被委托人须交验本人居民身份证等身份证明原件；由单位代办的，应当提交单位公函，交验代办人居民身份证等身份证明原件；
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