新生儿感染性腹泻根据抗菌药物敏感耐药情况，使用抗菌药物治疗，控制感染，调整饮食，预防和纠正脱水，合理用药，加强护理，预防并发症。
一、一般治疗
1、预防脱水：患儿一开始腹泻时，就应给予口服足够的液体，并继续给小儿喂养，尤其是婴幼儿母乳喂养，以防脱水。
2、纠正脱水：重度脱水和新生儿腹泻患儿均宜静脉补液。
3、纠正酸中毒：轻中度酸中毒无需另行纠正，因为在输入的溶液中也含有一部分碱性溶液，而且经过输液后循环和肾功能改善，酸中毒随即纠正，严重酸中毒经补液后仍表现有酸中毒症状者，则需要用碱性药物进行纠正，常用的碱性药物有碳酸氢钠和乳酸钠。
4、纠正电解质紊乱：低钾的纠正一般情况下用静脉补钾，需肾功能良好，即见尿补钾。重度脱水，特别是原有营养不良或病程长多日不进食的患儿，及时补钾更为必要。
一般患儿无需常规服用钙剂，如输液过程中出现抽搐可给予葡萄糖酸钙，个别抽搐患儿用钙剂无效者，可考虑给硫酸镁。对于急性腹泻患儿，因每日给予元素锌。
二、药物治疗
1、控制感染：
（1）小檗碱：用于轻型细菌性肠炎，对于大肠杆菌、痢疾杆菌、伤寒杆菌等一些杆菌作用非常强大。
（2）呋喃唑酮：主要用于细菌性肠炎，它具有杀菌抗病毒的作用。
（3）第3代头孢菌素及氧头孢烯类：腹泻的病原菌普遍对本类要敏感，包括治疗最为困难的多重耐药鼠伤寒沙门杆菌及志贺菌。
临床疗效好，副作用少，但价格贵，仅用于治疗重症及难治性患者。
（4）其他类抗生素：红霉素是治疗空肠弯曲菌肠炎的首选药；隐孢子虫肠炎口服大蒜素片；真菌性采用制霉菌素、氟康唑或克霉唑；伪膜性肠炎停用原来抗生素选用甲硝唑、万古霉素、利福平口服。
2、肠黏膜保护剂：能吸附病原体和毒素，维持肠细胞的吸收和分泌功能，与肠道黏液糖蛋白相互作用，可增强其屏障功能，阻止病原微生物的攻击，如蒙脱石粉。
3、抗分泌治疗：脑啡肽酶抑制剂消旋卡多曲可通过加强内源性脑啡肽来抑制肠道水、电解质的分泌，可用于治疗分泌性腹泻。
4、肠道微生态制剂：有助于恢复肠道正常菌群的生态平衡，抑制病原菌侵袭和定植，控制腹泻，常用双歧杆菌，嗜酸乳杆菌等制剂。
三、手术治疗
此病一般无需进行手术治疗。
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