乙肝大三阳的治疗主要还是取决于肝功能的情况，是否处于免疫耐受期或者是活动性肝炎，以及通过影像学来判断肝脏的形态，必要时还有可能做肝穿刺，了解肝炎或肝纤维化的情况。
乙肝大三阳是指乙肝表面抗原、乙肝e抗原、乙肝核心抗体阳性，而病毒通常容易处于活跃复制状态，在免疫耐受期，肝功能可以正常，除了病毒活跃复制之外，并没有产生肝脏的炎症性损伤，就不需要进行抗病毒药物治疗，建议定期检查。
乙肝大三阳检查的项目包括腹部B超、乙肝病毒定量、肝功能、甲胎蛋白等。
如果乙肝大三阳病人同时合并有肝功能异常，主要表现为转氨酶的升高，如果升高超过正常值两倍以上，则提示处于活动性肝炎，则需要开始抗病毒药物治疗，目前的抗病毒药物主要包括口服核苷或核苷酸类似物以及干扰素，部分患者是通过口服药物来进行治疗，在进行抗病毒药物治疗的同时还可以采取保肝抗炎药物等。
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