A、基因突变是由于DNA中碱基对的增添、缺失和替换引起的基因结构的改变，A错误；
B、单倍体是由配子直接发育而来的个体。其体细胞中染色体组数不能确定，可能会存在同源染色体，B错误；
C、交叉互换、自由组合转基因技术（基因工程）都属于基因重组，C正确；
D、三倍体无籽西瓜不能产生种子，但属于染色体变异，是可遗传变异，D错误。
故选：C。
标签：无子,变异,染色体
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