建曲和神曲是两种不同的药物，它们在药物组成、功效和治疗疾病上都有所不同。具体如下：
1、功效：神曲的主要功效是健脾胃，适合于调理胃痛、胸闷、腹胀、腹痛、食积等病症。建曲则具有解表和中（解除表邪、健运脾胃）的作用，适用于寒热头痛、饮食积滞、呕吐胀满等病症的治疗。
2、药物组成：神曲主要由青蒿、杏仁等药物组成，再加入面粉或麸皮发酵而成。建曲的成分包括枳壳、山楂、苍术、白芷等多种药物。
3、治疗疾病：神曲适用于脾胃虚、饮食积滞等病症。建曲则主要适用于寒热头痛、饮食积滞、呕吐胀满等病症。
综上所述，虽然建曲和神曲都是中药发酵制品，但它们在药物组成、功效和治疗疾病上都存在差异。因此，在使用时应根据自身情况选择适合的药物，并在医生指导下进行合理的用药和治疗。
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