新生儿黄疸的原因，生理性黄疸同新生儿胆红素代谢特点有关，包括胆红素生成相对较多，肝细胞对胆红素的摄取能力不足，以及血浆白蛋白连接胆红素的能力差，胆红素排泄能力缺陷，肠肝循环增加。
平时60%的足月儿和80%的早产儿在生后第一周内，就可以出现肉眼所见的黄疸。病理性黄疸主要是胆红素的生成过多红，过多的红细胞破坏和肠肝循环增加如红细胞增多症，血管外溶血，同种免疫性溶血性贫血，血型不合溶血如abo血型和Rh型不合，感染，红细胞酶的缺陷如G6PD酶缺乏，或者红细胞形态的异常如遗传性球形红细胞增多症，血红蛋白病如地中海贫血等等都会引起胆红素生成过多;
另外的是胆红素代谢障碍，主要是由于肝脏摄取结合胆红素的能力低下，使血中未结合胆红素升高，常见的原因是缺氧和感染，其他的先天性非溶血性未结合胆红素增高症，先天性的甲状腺功能低下，垂体功能低下，21-三体综合症等。
肝细胞排泄结合胆红素障碍，或者是胆管受阻可导致高结合胆红素血症，同时可有肝细胞功能的受损，也可有未结合胆红素的升高，常见的原因是新生儿肝炎，婴儿肝炎综合症，巨细胞病毒感染，先天性代谢性缺陷病，还有就是胆道阻塞，先天性非溶血性结合胆红素增高症等。
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