肛瘘进行手术治疗主要是将瘘管切开或者是切除，形成开放的创面，利于其愈合。
一般根据患者的具体的情况，可以选择肛瘘切开术，将瘘管全部切开，使其引流畅通，这主要用于低位肛瘘。
挂线疗法一般是用橡皮筋或者是医用的棉线缓慢切开肛瘘的瘘管，适用于距肛缘3~5厘米以内的单纯性的肛瘘。
肛瘘切除术主要是切开瘘管，并且将瘘管壁全部切除至健康的组织，创面不缝合，部分的敞开，主要适用于低位单纯性的肛瘘或者是高位肛瘘结构中瘘管成熟的较低的部分，或者是括约肌的外侧。
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