先天性巨结肠的发生比较复杂，可能和遗传基因突变有关，因为先天性巨结肠和基因突变有密切的关联，尤其是长段型先天性巨结肠有明显的家族聚集倾向。
其次，环境因素也可能会参与到先天性巨结肠的发生当中，多数是胚胎在12周之前，出现代谢紊乱、病毒感染、局部血运障碍，导致神经发育停滞，从而引起肠管神经节细胞缺乏，出现先天性巨结肠。
一旦确诊先天性巨结肠，应及时采取治疗措施，轻微的患者早期可以采取内科保守治疗，在医生的指导下服用药物可以解除低位性肠梗阻。若症状比较严重，要及时给予手术治疗，通过手术切除无神经节细胞的肠段，以此达到治疗效果。
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