一、关于案件线索管理的问题
中央纪委对加强案件线索统一管理提出了明确要求，并正在研究起草有关规定。各单位应加强对案件线索的统一管理，在上级有关规定出台前，可先行试点，如填写规范的案件线索登记表。在上级规定出台后，按有关规定执行。
二、关于初步核实呈批表的问题
根据《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例实施细则》(以下简称《实施细则》)第七条、第九条及《初步核实呈批表》表式，《初步核实呈批表》领导批示一栏，只要求分管领导签字审批，不需要加盖所在单位印章。
初步核实的权限在纪委，一般不宜由党委批示。设立纪检组织的，应由该纪检组织行使此项职能；未设立纪检组织的，由党委批准。
三、关于初步核实情况报告的问题
对于建议立案处理的初步核实情况报告，应援引程序方面和实体方面的依据，程序方面的依据可援引《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》(以下简称《案件检查条例》)等规定，实体方面的依据可援引《中国共产党纪律处分条例》(以下简称《纪律处分条例》)等规定。
初步核实情况报告在报领导审批时，应附有关的证据材料，在归档时，应将初核阶段获取的证据材料一并归档。
四、关于立案审批表的问题
1、关于对司法移送的党纪立案依据，可以援引《纪律处分条例》第33条。2、党纪立案决定，应当集体讨论，领导签署审批意见时应写明集体讨论的情况。3、对最基层单位，呈报单位一栏应由初核组填写，并加盖确定初核组这一组织的单位、部门或基层纪委的印章。4、对于立案是否须党委批准，按照《案件检查条例》第十七条分不同情况办理。5、纪委党委集体讨论决定立案的会议记录，可不归入案卷，但应在立案审批表上写明何时、何会议上讨论决定的情况。
五、关于宣布立案决定的问题
宣布立案决定，在立案后的第一次谈话用笔录或者制作立案告知书宣布，均需本人签字。宣布立案决定的时机，按照《实施细则》第二十四条第二款，调查组可根据案情，在适当的时机宣布。组织告知的党纪立案决定书有定制的格式文本，可向区纪委案件检查室领用或按照规范样式自行印制。立案决定书应当送达同级党组织和组织(人事)部门。
自办案件立案后移送司法等部门的，对被司法、行政羁押的被调查人，一般也应当宣布立案决定。因客观情况，确实无法宣布的，应写明情况，一并归入案卷。
六、关于《错误事实材料》的问题
根据《案件检查条例》第三十三条，调查组将认定事实所写材料的名称仍为《错误事实材料》。被调查人应在错误事实材料上签署意见，对拒不签署意见的，由调查组在错误事实材料上注明。
七、关于涉案财物暂扣的问题
纪检机关暂予扣留可以证明违纪行为的物品和非法所得时，要填写有统一格式的《暂予扣留、封存物品登记表》。调查人员不得少于二人，调查人和文件、物品的保管人或持有人均应在登记表上签字。对于扣留封存的文件、物品等，要指定专人妥善保管。扣留封存的期限不得超过办案期限。
八、关于证据材料的问题
党员身份，由所在党组织出具证明；职务身份证明材料以任命机关的文件为准。在违反财经纪律的案件中，审计报告或财政部门出具的证明材料是认定是否存在违反财经纪律事实的重要依据，因此在证据材料中一般应当具备。对于复印的证据材料，须注明保存单位和出处。
九、关于移送审理手续的问题
设有审理部门或者审理组织的单位应当办理案件检查移送审理的手续，违纪案件移送审理的手续应包含领导批示。
十、关于查审分开的问题
违纪案件的处理必须做到查审分开。
十一、关于征求有关组织意见的问题
由上级纪检监察组织直接处理的案件，必须征求有关组织的意见；由任免机关、基层单位或者在本单位处理的违纪案件，可以不需要征求意见；对违纪案件处理
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