新冠疫苗指南第二版和第一版的区别，主要是对于接种的人群进行了更详细的区分；对于新冠疫苗接种的禁忌和注意事项进行了更为详细的科学识别和应对；并且对于新冠疫苗公众常见的问题给予了更为详细明确的指导建议。
对于可以接种的，给予了31种可以接种的情况，较第一版更为详细；对广大人民群众所关心的一些问题给予了详细的指导，像糖尿病、高血压，专门针对血压的具体值以及血糖的具体值来给予指导。
另外给予6种暂缓接种的情况、6种不可以接种的情况以及15种其他的情况，较第一版更详细、更明确，更利于广大人民群众进行解读。
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