洁净室一般选用整体性好、刚性强的水磨石地面。
普通药厂中较常见的是以下几种地面面层：（1）水磨石地面：整体性好、光滑、不易起尘，可冲洗且防静电；缺点是无弹性。常用于要求经常擦洗的分装车间、针片剂车间、实验室、卫生间、更衣室、结晶工段等。（2）塑料地面：光滑、略有弹性、不易起尘、易擦洗清洁、耐磨、耐腐蚀，但易产生静电，受紫外线照射易老化。因此不宜用于经常采用子紫外线灯灭菌的场所。一般用于更衣室、包装间、化验室等房间。由于塑料板与混凝土基层的伸缩性能不同，不宜用于无尘车间，否则会引起起壳现象。（3）耐酸瓷板地面：用耐酸胶泥贴砌，能耐腐蚀，但质较脆，经不起冲击，破碎后则降低耐腐蚀性能。这类地面可用于原料车间中有腐蚀介质的区段，由于施工复杂、造价高，宜用于有腐蚀介质滴漏的局部范围使用。例如，将有腐蚀介质的设备集中布置，然后将这一部分地面用挡水线围起来，挡水线内部用此种地面铺贴。
2.内墙及顶棚饰面材料洁净室的内墙和顶棚要求光滑、平整、无剥落，常用砖墙或板材作基质材料，其表面抹灰后，选用符合工艺要求的涂料作饰面材料。内墙和顶棚也可直接选用保鲜库工程的充填泡沫塑料的彩色复合钢板、不锈钢等），但是需注意板材之间的接缝处理。 （1）油漆墙面：光滑、能清洗，且无颗粒性物质脱落，常用于有洁净要求的房间。施工时要求基层干燥，否则易爆皮、脱皮。油漆可用普通调和漆，无光漆等。（2）白瓷砖墙面：墙面光滑、易清洗、耐腐蚀，不必等基层干燥即可施工，但接缝较多。采用大块瓷砖，接缝可相对减少。
3.门窗材料洁净室的门窗材料应选择自然变形小，制作尺寸误差小，并易控制缝隙，气密性好的材料。一般情况，洁净室的窗和外门宜用金属或金属涂塑材料，相对于白铁风管工程在选择材料上也比较严格的。洁净室更加不宜用木制品，以免受潮长菌，有条件的内门也可选用金属或金属涂塑制品。对于无菌室门窗，规范严格规定不得使用木制品。
为了保证厂房的结晶度，洁净区要做到窗户密封。空调区与非空调区之间的窗户要设双层窗，至少其中一层为固定窗。另外，不同净化工程的级别洁净室之间的联系门要密闭、平整、造型简单，且门应向级别高的方向开启。
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